Durante il cannoneggiamento alleato per liberare Pisa, il 27 luglio 1944 uno spezzone incendiario cade sul Camposanto provocando la distruzione della copertura in legno e piombo. È impossibile limitare l’estensione dell’incendio: gli affreschi del ciclo del “Trionfo della morte” vengono irrimediabilmente danneggiati. Nell’aprile del 2014 sono state ricollocate le Storie dei Santi Padri. Il 2 gennaio 2016 è iniziata la ricollocazione dell’affresco dell’Inferno.